Организация научно-исследовательской деятельности заповедника определяется и проводится исходя из трёх основных составляющих: инвентаризации, мониторинга и проблемно-ориентированных исследований и планируется с учётом природной специфики, реальных потребностей и возможностей заповедника. Одной из основных задач научного отдела является ведение «Летописи природы» – ежегодный сбор данных для оценки состояния и изменения природных комплексов заповедника.